Der Dreizehnte Stamm, eine Gruppe von frühen Zylonen, verließ Kobol und seine Schwesterstämme in etwa 4000 Jahre vor dem Ausbruch des zweiten Zylonenkrieges. Die verbliebenen zwölf Stämme lebten noch ca 2000 Jahre auf Kobol doch auch sie verließen den Planeten
und gründeten die Zwölf Kolonien.

Einige Zeit lang haben offenbar Reisen von der Erde nach Kobol statt gefunden, da die Heiligen Schriften einen Überblick über die Reise zur Erde geben. Laura Roslin besagt, dass die Wirkung der Erde auf die 12 anderen Stämmen so bedeutend war, dass die Sternbilder der Tierkreiszeichen von der Erde, die man ja in der 3D-Projektion im Grab der Athena sieht, für die ursprünglichen Fahnen der Zwölf Kolonien verwendet wurden, und die alten Namen der Zwölf Kolonien entsprachen den Namen dieser Sternbilder

Zumindest ein paar der Götter von Kobol verblieben, um den Exodus der Zwölf Stämme zu beobachten. Einer von ihnen war Athena, die aufgrund ihrer Verzweiflung über den Exodus in den Tod gesprungen ist.

Commander William Adama gibt fälschlicher Weise an, den Weg zu Erde zu kennen, um den verzweifelten Überlebenden einen Grund und eine Hoffnung zum Weiterleben nach ihrer Flucht aus den zerstörten Kolonien zu geben . Später finden Adama und andere, durch die Bemühungen von Präsident Roslin ein Grab auf Kobol, das eine Karte und genügend Hinweise offenbart, welche die Flotte zu den wahren Koordinaten der legendären dreizehnten Kolonie führt.

ber ein Jahr später finden die Zylonen eine antike Sonde im Löwenkopf-Nebel, vermutlich ist dies der erste greifbare Beweis für die Existenz des Dreizehnten Stammes. Die Sonde enthält jedoch einen Virus, der sich als besonders tödlich für die Zylonenon und das Basisschiff herausstellt. Die Zylonen fürchten den Virus so sehr, dass sie das Basisschiff aufgeben und ihr Auferstehungsschiff weit von dem Basisschiff entfernen, um zu verhindern, dass sich sterbende infizierte Zylonen downloaden und die bioelektrische Komponente des Erregers zu der übrigen Zylonen Bevölkerung übertragen. Die Sonde wird letztendlich zerstört, da das Basisschiff eine Selbstzerstörung einleitet.

Der Dreizehnte Stamm hatte offenbar einen Planeten als Raststation auf seiner langen Reise. Sie siedelten auf einem Planeten und bauten einen Tempel für die Fünf Priester die eine mysteriöse Gottheit anbeteten. Über 4000 Jahre später wird der Tempel der Fünf von der Flotte entdeckt. Die Kolonisten glauben, dass sich ein Artefakt namens "Auge des Jupiter" auf dem Planeten befindet und es eine weitere Markierung auf dem Weg zur Erde ist.

In Wirklichkeit gibt es aber gar kein solches Artefakt. Das Auge des Jupiter ist eigentlich ein Bild dass die sterbenden Sonne
des Planeten hinterlässt. Kurze Zeit vor der bevorstehenden Supernova des Sterns tritt eine seltsame und höchst unwahrscheinliche Abfolge von Ereignissen auf, nachdem sich beide, zylonische und koloniale Truppen, auf diesem unscheinbaren "Algenplaneten" treffen um, den legendären verlorenen Tempel zu finden. Nachdem sie das System
verließen, stellten die Kolonisten fest, dass die Nova einer anderen älteren Nova ähnelt, die sich in der Zeit des Exodus des Dreizehnten Stammes ereignete und sich im Ionischen Nebel befindet und glauben, dass sie einen weiteren Wegweiser zur Erde gefunden haben.

Der Tempel war offenbar dazu gebaut, um einem Menschen eine Vision zu geben, sowie der Stern sich in eine Supernova verwandelt. Statt dass ein Menschen den Mechanismus benutzt, verwendet jedoch ein Nummer Drei Zylone das Gerät, in dem Glauben, dass es die Identitäten der Letzten Fünf Zylonen Modelle offenbart, die in der Zylonengeschichte entweder absichtlich oder versehentlich verlorengegangen sind. Nur Gaius Baltar sieht wie dieser Mechanismus benutzt wird, aber selber ist nicht in der Lage das Gerät zu nutzen, bis es zu spät dafür ist, da es sich inzwischen abgeschalten hat, weil das Licht der Nova durch die Schatten ihrer Schockwelle verschwunden ist.

Während die Flotte dem Ionischen Nebel immer näher kommt, beginnen vier Koloniale Fragmente einer seltsamen Melodie zu hören. Laura Roslin, deren Krebs wieder zurückgekehrt ist und ihn wieder mit Chamalla zu bekämpfen versucht, beginnt Visionen von dem Opernhaus zu haben. In den Visionen kommt sie, Sharon Agathon und Caprica-Sechs vor, welche in den Gängen herumlaufen und versuchen Hera Agathon zu fangen. Roslin und Agathon treffen sich mit der inhaftierten Caprica Sechs und erkennen, dass alle drei den selben Traum hatten.

Als die Flotte den Nebel erreicht, wird Roslin fast ohnmächtig. Die vier Besatzungsmitglieder, die musikalische Halluzinationen haben hören jetzt nicht nur eine schlüssige Melodie, sondern auch Texte und treffen aufeinander. Die vier erkennen, dass sie auch Zylonen sein könnten, aber sie entscheiden sich, ihre Arbeit als Koloniale fortzusetzen. Die gesamte Flotte verliert aus unbekannten Gründen für eine Zeit Energie.

Nachdem auch eine Zylonenflotte den Nebel erreicht, werden Viper gestartet, um sie abzufangen. Ein Pilot
, Lee Adama, entdeckt auf seinem DRADIS ein mysteriöses Flugobjekt und versucht es abzufangen. Zusätzlich zu dem Geheimnis des Ionischen Nebels fliegt plötzlich Kara Thrace, eine totgeglaubte Pilotin, mit ihrer Viper Mark II neben Apollo her und erzählt ihm, dass sie auf der Erde war und die Flotte dorthin führen kann.

Nachdem die Menschen zusammen mit den zylonischen Rebellen die Erde erreicht haben, müssen sie feststellen, dass diese vor langer Zeit in einem Krieg mit nuklearen Waffen völlig verwüstet wurde . Doch ist dies nicht alles, denn bei Ausgrabungen am Strand findet man den Kopf eines Zenturion, dessen Desgin jedoch weder den Menschen, noch den Zylonen bekannt ist. Zuerst nehmen Adama und Roslin an, dass die Menschen der Erde ebenfalls Zylonen erschufen und diese womöglich die Menschen auslöschten, doch DNA Untersuchungen der Skeltte ergeben, dass alle Menschen des 13. Stamms selbst Zylonen waren.

Kobol ist die ursprüngliche Heimatwelt der Menschen der Zwölf Kolonien, und einer von zwei bekannten Planeten, wo der Mensch sich natürlich entwickelte. Obwohl es sich um eine üppige, lebenserhaltende Welt handelt, ist Kobol seit dem Exodus der dreizehn Stämme unbewohnt. Auf der Oberfläche befinden sich nur noch Ruinen als Beweis für die einst so große Zivilisation, die hier vorher existierte.

Kobol ist eine grün-blaue Welt mit Ozeanen und Kontinenten, die von großen Wäldern und Grasländern bedeckt ist. Sie befindet sich in Sektor 728 . Ein ungeklärtes Ereignis oder eine Umweltkatastrophe veranlasste die Menschen Kobol zu verlassen und sich auf den Planeten niederzulassen, die schließlich die Zwölf Kolonien von Kobol bildeten. Jedoch scheint sich der Planet zum Zeitpunkt der Entdeckung durch die Galactica von einem solchen Ereignis erholt zu haben.

Die Hauptstadt war die Stadt der Götter auf der nördlichen Hemisphäre. Dort befand sich auch das Opernhaus und das Forum . Gebäude die auf Caprica nachgebaut wurden. Es heißt, dass die Menschen und die Götter von Kobol hier gemeinsam in Harmonie lebten. Die virtuellen Lebewesen waren Zeugen der Zivilisation auf Kobol und beobachteten bei den Nachkommen der Stämme von Kobol später auf den Kolonien die gleiche Entwicklung - "Kommerz, Dekadenz, technologischen Amoklaufe".

Der Große Exodus fand etwa 2000 Jahre vor den Ereignissen . Zu der Zeit verließen 12 Stämme Kobol um sich in eine neue Heimat zu suchen. Die heiligen Schriftrollen erzählen auch, dass der 13. Stamm Kobol bereits 2000 Jahre vor den anderen verließ , um einen Planeten namens "Erde" zu finden. Obwohl die Zwölf Kolonien die Schriftrollen später so interpretierten, dass der Dreizehnte Stamm menschlich war, bestand er tatsächlich aber aus humanoiden Zylonen, kreiert von den Menschen auf Kobol

Die Götter von Kobol haben offensichtlich ebenfalls Kobol verlassen, doch wann genau ist nicht bekannt. Unklar ist auch, ob sie Kobol mit den Stämmen verlassen haben, obwohl die heiligen Schriftrollen sagen, dass Athena aus Trauer wegen dem Großen Exodus Selbstmord beging, was darauf hindeutet, dass einige Götter oder Menschen zurückblieben und den Tod bezeugten bevor sie Athene begruben und den Planeten selbst verließen. Die heiligen Schriftrollen sagen auch, dass Zeus die Führer der Stämme gewarnt, dass eine Rückkehr nach Kobol mit Blut kosten würde.

Als die Menschen noch auf Kobol lebten, wurden viele Bücher und Schriften verfasst, von denen einige immer noch existieren. Einige betrachten sie als religiöse Artefakte, andere wiederum lediglich als Geschichten voller Mythen und Legenden. Die bedeutendsten Schriften sind die von Pythia, die etwa 1600 Jahre vor dem Großen Exodus verfasst wurden. In ihnen wird ein weiterer Exodus beschrieben, bei dem eine "Himmelskarawane" von einem neuen Führer angeführt wird, der "unheilbar krank ist und die Ankunft im neuen Land nicht erleben wird" .

Einige der Schriften der Pythia sind offenbar wahr geworden: Präsidentin Laura Roslin hat Krebs, was sicher als unheilbare Krankheit angesehen werden kann. Außerdem hat sie mehrfach Visionen, darunter eine mit 12 Schlangen, die von Pythia besonders erwähnt wird .

Laut der virtuellen Nummer Sechs wurden Menschenopfer praktiziert und die Seelen aller die auf Kobol sterben sind für immer verloren.

Bei einer Erkundungsmission, bei der Planeten mit Rohstoffen zur Versorgung der Flotte gesucht werden, wird Kobol von einem Raptor zufällig wiederentdeckt .

Die Entdeckung Kobols wurde von dem Zylonenagenten Leoben Conoy vorausgesagt und dass das Grab der Athene den Weg zur Erde zeigt. Dazu muss aber der Pfeil des Apollo von Caprica geborgen werden.

Bevor die Oberfläche sicher erreicht - und die Mannschaft eines abgestürzten Raptor gerettet - werden kann, muss jedoch eine zylonische Streitmacht, einschließlich eines Basisschiffes, beseitigt werden. Dafür war der Einsatz des gekaperten zylonischen Jägers vorgesehen aber bevor dieser Plan zur Anwendung kommt verwendet Lieutenant Kara Thrace den Jäger um den Pfeil von Caprica zu holen.

Commander Adama begleitet später die Expedition und sie finden gemeinsam das Grab der Athena. Sie sind die ersten Menschen seit Jahrhunderten die das Innere des Grabes betreten. Dort verwenden Sie den Pfeil des Apollo um eine holografische Karte zu aktivieren, die ihnen den Weg in Richtung der Erde zeigt . Danach verlassen die Kolonisten Kobol wieder, um nie wieder zurückzukehren.

Die Galactica ist einer der ersten zwölf Kampfsterne, die von den Kolonien gebaut wurden. Jeder dieser zwölf Kampfsterne repräsentierte eine Kolonie; die Galactica stand für Caprica. Demnach dürfte die Galactica etwa 50 Jahre alt sein . Nach dem Ausbruch der Feindseligkeiten mit den Zylonen wurden mehrere weitere Kampfsterne gebaut. Der erste Kommandeur der Galactica war Commander Nash .

Da die Zylonen früh die Fähigkeit gezeigt haben, vernetzte Kommando- und Kontrollsysteme überbrücken oder untergraben zu können, wurden die ursprünglichen Kampfsterne ohne integrierte Computersysteme entwickelt, um diesen Fähigkeiten der Zylonen keine Angriffsfläche zu bieten . Die Kampfsterne verließen sich weniger auf technische Raffinessen als vielmehr auf ihre schiere Größe und ihre Angriffs- und Verteidigungsfähigkeiten, um jede Bedrohung für sich oder die Kolonien abzuwehren.

Nach dem Waffenstillstand mit den Zylonen und ihrem Rückzug aus dem Kolonialen Raum dienten die Galactica und ihre Schwesterschiffe den Zwölf Kolonien weiterhin in einer großen Bandbreite von Aufgaben. Während ihre überlebenden Schwesterschiffe entweder verschrottet oder aufgerüstet wurden, um den Fähigkeiten modernerer kolonialer Schiffstypen zu entsprechen, diente die Galactica weiterhin ohne voll vernetzte oder integrierte Systeme, was sie unter den kolonialen militärischen Schiffen einzigartig machte .

Als sich ihre aktive militärische Karriere dem Ende näherte, wurde beschlossen, die Galactica in den Ruhestand zu versetzen und außer Dienst zu stellen. Die Kolonialflotte entschloss sich, sie nicht zu verschrotten, sondern in eine Kombination aus einem Museum
über den ursprünglichen Zylonenkrieg und einem Bildungszentrum umzuwandeln. Die Umwandlung sollte von ihrem letzten Kommandeur, William Adama, überwacht werden .

Zum Zeitpunkt der formellen Zeremonie zu ihrer Außerdienststellung waren bereits alle bis auf eine ihrer einsatzbereiten Viper-Mark-VII-Geschwader abgezogen, ihre Munition entsorgt und ihre Steuerbord-Landebucht in ein Museum umgewandelt worden, welche ein volles Geschwader aus 20 Viper Mark II beherbergte.
Mit der unerwarteten Wiederaufnahme der Feindseligkeiten durch die Zylonen stellt die Galactica schnell ihren Wert als Kriegsschiff unter Beweis, als sie einem direkten Treffer durch eine taktische Nuklearrakete widersteht und, nachdem sie sich in der Station Ragnar wiederbewaffnet hat, es im Alleingang mit zwei Basisschiffen aufnimmt. Unter ihrem Feuerschutz kann die Flotte bestehend aus 75 zivilen Schiffen mit den letzten Überlebenden der Zwölf Kolonien den Zylonen entkommen.

Nach der Flucht der Kolonisten von ihren überrannten Heimatwelten wird die Galactica Beschützer und Versorger der Flotte. Sie bietet der Flotte bei nicht weniger als 240 Zylonenangriffen Feuerschutz . Sie versorgt einen Großteil der Flotte mit wiederaufbereitetem Wasser , und sie ist die primäre Anlaufstelle für medizinische Versorgung
, wo beispielsweise routinemäßig Gruppen von Zivilisten für medizinische Untersuchungen und dergleichen an Bord gebracht werden . Die Galactica übernimmt auch Polizeiaufgaben innerhalb der Flotte .

Ihre Fähigkeiten stellt sie ein weiteres mal unter Beweis, als sie einen Angriff auf eine zylonische Basis startet, um eine wichtige Tylium-Quelle zu erobern.

Ungefähr sechs Monate nach ihrer Flucht treffen Galactica und ihre Flotte auf den Kampfstern Pegasus.

Die Viper ist der bevorzugte Raumüberlegenheitsjäger der Kolonialen Streitkräfte. Sie wird von einem Piloten gesteuert, ist atmosphärentauglich, verfügt über Projektilwaffen sowie Außenlaststationen für Raketen, Munitionsbehälter und anderes unter den Flügeln.

Die ersten Viper wurden kurz vor Beginn des ersten Zylonenkrieges in Dienst gestellt. Es war allerdings die Mark II Version, die besondere Bekanntheit erlangte, da sie speziell für den Einsatz auf Kampfsternen entworfen wurde.

Die Mark II leistete ausgezeichnete Dienste während des Zylonenkrieges und gewann dadurch besondere Berühmtheit und Anerkennung in den gesamten Zwölf Kolonien. Sie wird als einer der Gründe angesehen, warum die Kolonisten nicht von den Zylonen geschlagen wurden.

Die Mark II blieb noch einige Zeit nach dem Ende des Krieges in Dienst, wurde aber nach und nach durch neuere Modelle abgelöst. Zur Zeit des erneuten Ausbruchs zylonischer Feindseligkeiten war die Mark VII die neueste Version der Viper. Sie verfügt über das gleiche grundlegende Layout wie die Mark II, allerdings mit einigen Verbesserungen und modernisiertem Design. So verfügt sie über vernetzte Computersysteme was ihr ein überlegenes Kampf- und Flugverhalten verleiht und den Piloten mit allen nötigen Informationen optimal versorgt.

Ironischerweise waren es gerade die neuen integrierten Systeme, die der Mark VII beim Angriff der Zylonen zum Verhängnis wurden: ebenso wie ein Großteil der Kolonialflotte erlitten die Mark VII schwere Computerfehlfunktionen sobald sie auf zylonische Streitkräfte stießen. Dank der Beziehung eines zylonischen Agenten zu Dr. Gaius Baltar, Wissenschaftler und Programmierer der Navigationssoftware, die auf den meisten Schiffen der Kolonialflotte eingesetzt wird, war es den Zylonen möglich in die Computersysteme dieser Schiffe eine Hintertür einzubauen, die es ihnen erlaubte in die Computersysteme dieser Schiffe einzudringen und diese lahm zu legen. Auch wenn das Problem einfach durch Entfernen des Programms gelöst werden kann, wurde diese Möglichkeit jedoch einfach nicht rechtzeitig entdeckt um noch von Nutzen zu sein.

Der Zylonische Bürgerkrieg ist ein Konflikt zwischen zwei Fraktionen humanoider Zylonen. Die Fraktion, die von der Nummer Eins Kopie Cavil geführt wird, besteht aus den Nummer Einsern, Nummer Vierern, Nummer Fünfern und der Nummer Acht Kopie bekannt als Sharon Valerii. Die Gegenseite, bekannt als die Rebellen, besteht aus den Nummer Zweiern, Nummer Sechsern, mehreren Zenturios mit freiem Willen und der Mehrheit der Nummer Achtern, unter dem Kommando von einer Nummer Sechs Kopie namens Natalie. Natalie wird später getötet, woraufhin die wiederbelebte Nummer Drei Kopie D'Anna das Kommando über die Rebellen übernimmt, bis diese beschließt auf der Erde zu bleiben.
Die einzige richtige Schlacht in diesem Krieg ist die Schlacht um das Auferstehungszentrum, in dem der Rebellen-Basisstern gegen das Auferstehungszentrum kämpft. Einige zylonische Rebellen unterstützen die "Galactica" in der Schlacht um die Kolonie. Diese Schlacht ist das Ende beider Kriege, da Cavils Fraktion von "Galacticas" Streitkräften vernichtet wird. Während des Krieges kontrolliert Cavils Fraktion so gut wie alle Ressourcen, sowie alle Auferstehungsschiffe, das Auferstehungszentrum und die Kolonie. Durch diesen Umstand sind die Rebellen nicht in der Lage aufzuerstehen und müssen sich mit der "Galactica" zusammentun um das Auferstehungszentrum angreifen zu können, da zu Beginn des Bürgerkrieges alle Jäger zerstört wurden. Alles was die rebellische Fraktion kontrolliert ist das Rebellen-Basisschiff, die Rohstoffe darauf und ca. 25 schwere Jäger. Durch die Vernichtung von Cavils Fraktion in der finalen Schlacht, sind die Sieger dieses Bürgerkrieges die Kolonialen und die Rebellen.

Die frühesten Anzeichen dafür, dass die Zylonen nicht in perfekter Harmonie leben, sieht man während der Besetzung von Neu Caprica, wo die verschiedenen Modelle angesichts eines aussichtslosen Kampfes über die beste Vorgehensweise diskutieren. Später wurde über das Schicksal von Gaius Baltar in einer knappen 4 - 3 Abstimmung entschieden. Etwas später wurde wegen der religiösen Suche einer Nummer Drei die ganze Serie eingefroren.

Die unmittelbare Ursache für den Bürgerkrieg findet sich in der Schlacht im Ionischen Nebel, in welcher ein Jäger den Angriff abbricht, weil er Samuel Anders als humanoiden Zylonen wiedererkennt. Darauf hin stimmt Cavils Fraktion für eine "Rekonfiguration" der Jäger, damit sie den Angriff auf die Flotte fortsetzen. Natalies Fraktion stimmt gegen dieses Vorhaben, da sie glaubt, dass sich die Letzten Fünf auf der Flotte befinden (Auferstehung). Ihr Ziel ist es, alle zwölf humanoiden Modelle wiederzuvereinen, ein Plan der auch das wiederbeleben der Nummer Drei Reihe vorsieht, um zu erfahren, was D'Anna im Tempel der Fünf gesehen hat.

Sharon "Boomer" Valeriis Stimme gibt Cavils Fraktion die Mehrheit, um mit der Umprogrammierung der Jäger zu beginnen. Natalies Fraktion will dies aber nicht akzeptieren und lässt deswegen den Persönlichkeits Unterdrücker der Zenturios entfernen, wodurch diese wieder über ihren eigenen Willen verfügen und sich gegen Cavils Fraktion stellen .

Die zylonische Flotte wurde in zwei Teile geteilt. Eine Nummer Eins merkt an, dass Natalie auf den Basisschiffen "eine kleine ethnische Säuberung" durchgeführt hätte und dass die Fraktionen jetzt voneinander getrennt wären. Einige Basisschiffe sind nun unter Cavils Kontrolle und die anderen unter Natalies. Später treffen sich Natalie und zwei Achter mit Cavil, der ihnen erzählt, dass die Einser nach einer Debatte mit ihren Leuten überstimmt wurden und dass diese zu dem Entschluss kamen, dass es falsch war, die Dreier einzufrieren und dass sie nun die Einheit wieder herstellen wollen. Er informiert sie darüber, dass das Bewusstsein aller Dreier in das Auferstehungszentrum geladen wurde und dass man in weniger als einem halben Dutzend Sprünge an einem Zugangspunkt wäre, um zu hören, was sie zu sagen hat. Die beiden Fraktionen einigen sich darauf in ihren eigenen Basisschiffen dorthinzuspringen. An dem Rendezvouspunkt erscheinen Cavils Basisschiffe ohne einem Auferstehungsschiff (die offensichtlich alle von Cavils Fraktion kontrolliert werden), umzingeln die Basisschiffe der Rebellen und attackieren sie. Sie zielen zuerst auf die FTL-Triebwerke und fahren dann fort, die Basisschiffe zu zerstören. Da kein Auferstehungsschiff in Reichweite ist, begreifen die Rebellen schnell, dass Cavil vor hat, alle Rebellen wirklich zu töten (Die Verblendeten). Nur Natalies schwer beschädigtem Basisschiff gelingt es das Massakker zu überstehen, doch alle Jäger gehen in dem Gefecht verloren (Ans andere Ufer).
Beabsichtigte Allianz mit den Menschen

Die Demetrius, kommandiert von Kara Thrace, die sich auf einer Mission die Erde zu finden befindet, begegnet unterwegs einem schwer beschädigten schweren Jäger mit einer Kopie eines Leoben Conoy an Bord, der eine Allianz zwischen den Menschen und seiner Fraktion vorschlägt. Thrace befiehlt, gegen den Willen ihrer Besatzung, einen Sprung zu Conoys beschädigtem Basisschiff , doch sie erkennt, dass sie nicht die ganze Mannschaft riskieren kann. Deshalb bildet sie eine kleine Crew und nimmt stattdessen einen Raptor und befiehlt der Demetrius, dass sie, wenn sie in 15 Stunden nicht zurückgekehrt sein sollte, sich wieder mit der Galactica treffen sollen. Inmitten eines Trümmerfeldes mit noch immer explodierenden Schiffstrümmern findet Starbuck Natalies schwer beschädigten Basissten. Der Hybrid des Basissterns ist nicht mehr in der Lage einen Sprung zu berechnen, deshalb beschließen sie, den Basisstern mit dem Computer des Raptors zu verbinden. Dazu müsste man aber den Hybriden vom Basisstern trennen, was ihn eventuell umbringen würde.

Die Achter wollen gegen Natalie meutern und wollen, dass Athena sie anführt, doch Athena lehnt dies ab und ermahnt sie, das sie ihre Meinung zu leicht ändern und nicht zu ihrer Wahl stehen.
Die junge Allianz zerbricht beinahe.

Während Jean Barolay gerade an ihrem Raptor einige Änderungen vornimmt, begegnet ihr eine Nummer Sechs, die von ihr auf Neu Caprica getötet wurde. Die Sechs, die durch diesen Tod traumatisiert ist, ist von Barolays überheblichen Verhalten
deshalb so erzürnt, dass sie sie tötet. Ein wütender Samuel Anders wirft die Sechs daraufhin auf den Boden, doch Natalie ist es dann, die den Abzug drückt und somit die Qual der Erinnerungen der Sechs und das Bedürfnis nach Gerechtigkeit der Menschen beendet, indem sie betont, dass es keine Auferstehung für diese Zylonen gibt.

Thrace wird zum Hybriden gebracht und versucht die kryptischen Nachrichten von ihr zu verstehen, doch frustriert gibt sie den Befehl an dem Sprung weiterzuarbeiten. Eine Acht versucht den Hybriden vom Schiff zu trennen, aber die Reaktion des Hybriden veranlasst den Zenturio auf die Acht zu schießen und sie damit zu tötlich zu verwunden, woraufhin er selbst zerstört wird. Der sterbende Acht entschuldigt sich bei Athena, bittet sie um Verzeihung, und streckt ihre Hand nach ihr aus, doch Athena nimmt sie nicht. Stattdessen nimmt Anders die Hand der Acht, bevor sie wirklich stirbt.

Das abtrünnige Basisschiff springt zur Demetrius und kommt dort nur wenige Momente, bevor sie zur Flotte zurückspringen wollte an . Beide schiffe wollen nun gemeinsam zur Flotte springen, doch wegen Problemen auf der Demetrius kommt der Basisstern als ersters alleine bei der Flotte an. Admiral William Adama lässt sofort Galacticas Viper starten, da er einen Angriff vermutet. Die Situation wird entschärft, nachdem die Demetrius endlich ankommt und ankündigt, dass sich der Basisstern unter ihrer Kontrolle befindet .
Ein Plan nimmt Formen an.


Natalie handelt als die Ansprechsperson der Rebellen und wird auf die Galactica gebracht, um mit Admiral Adama und der Präsidentin Roslin zu sprechen. Sie erzählt ihnen von dem Auferstehungszentrum und erklärt ihnen ihren Plan. Sie hätte gerne die Hilfe der Kolonialen um eine Nummer Drei wiederzubeleben. Als Gegenleistung bietet sie, die Zerstörung der zylonischen Wiederauferstehung. Karl Agathon schlägt vor, die Hälfte von Galacticas Vipern auf das Basisschiff zu verlegen und das Basissch Basisschiff zu verlegen und das Basisschiff dazu zu verwenden, um die Zylonen zu täuschen. Roslin willigt ein, aber spielt ein falsches Spiel mit den Zylon
weil sie ihnen misstraut: Folge dem Plan, doch behalte die Letzten Fünf, sobald sie bekannt sind, bis sie die Erde erreichen.

Auch die Zylonen planen die Menschen zu hintergehen. Da sie davon ausgehen, dass die Menschen ihnen die Letzten Fünf nicht geben wollen, haben sie vor, die Zenturios einzusetzen um die Menschen nach erfolgreicher Mission festzunehmen.

Nachdem Natalie gebeten wurde, vor dem Rat der Zwölf zu sprechen und deren Ängste betreffend der Allianz zu beschwichtigen, erlebt sie selbst einen Sinneswandel. Da sie befürchtet, dass die Letzten Fünf ihre Taten beobachten und darüber richten könnten, sagt sie einer Nummer Zwei, dass er die Zenturios wieder zurückrufen soll. Sie erzählt dem Rat anschließend, dass sie daran glaubt, dass die Zylonen die Sterblichkeit brauchen, um ein sinnvolles Leben zu leben, als sie gefragt wird, warum sie die Position des Zentrums verraten will (Rat mal, was zum Essen kommt).

Bevor der Plan in die Tat umgesetzt werden kann, wird Natalie von Sharon Agathon, die damit ihr Kind Hera schützen will. Ohne Warnung oder Befehl, springt der Hybrid das Basisschiff von der Flotte weg und beendet somit jede Kommunikation mit der Galactica und nimmt die halbe Fliegerstaffel der Galactica und Laura Roslin mit (Rat mal, was zum Essen kommt). Später wird von der Galactica ein Aufklärungsraptor geschickt, der das zerstörte Auferstehungszentrum, die Trümmer eines Basissterns und Wrackteile von Vipern findet. Das bestätigt, dass die Zylonen und Menschen zusammen gekämpft haben, und dass einige überlebt haben .

Der Hybrid gerät in Panik, nachdem er spürt, dass Natalie gestorben ist und springt. Sie springt weiter in Richtung des Zentrums, um den an Bord befindlichen kombinierten Streitkräften eine Chance zu geben, den Plan von Natalie noch auszuführen. Die menschlichen Piloten sind nich glücklich darüber, Seite an Seite mit Zylonen zu fliegen, doch werden dazu gebracht ihnen zu vertrauen.

Nachdem das Zentrum, wegen einem Überaschungsangriff auf die FTL-Triebwerke, gestrandet ist, wird es von Karl Agathon und einer Acht geentert um die dort befindliche Nummer Drei wiederzubeleben und mit ihr zu flüchten. Unterdessen bekämpft das Bebellenbasisschiff zwei das Zentrum beschützende Basisschiffe. Nachdem die Drei, Agathon und die Acht das zentrum verlassen haben, starten die Viper einige Nuklearraketen und zerstören das Zentrum und mindestens einen der beiden vereidigenden Basissterne.

An Bord des Rebellen-Basissterns wird die Drei von Roslin über die Identität der Letzten Fünf befragt, doch sie will dieses Geheimnis nicht preisgeben, bevor sie nicht sicher fühlt. Das Basisschiff kehrt zu den Rendezvouskoordinaten zurück, wo sie schon von einem wartenden Admiral Adama empfangen werden.

Die Rebellen, die nun von D'Anna Biers angeführt werden, halten die LKolonialen auf dem Basisschiff gefangen, um die Letzten Fünf aus ihrem Versteck zu locken. Foster begiebt sich auf das Basisschiff, doch die anderen drei bleiben auf der Galactica. Nachdem die Zylonen den ersten Gefangenen hinrichteln lassen haben ordnet Präsident Lee Adama eine gefährliche Rettungsmission an. Da jedoch Kara Thrace ein Signal entdeckt, dass sie direkt zur Erde führen wird, beschließt Adama stattdessen diese Information mit den Zylonen zu teilen. Zusammen springen sie zur Erde, doch entdecken dort ein nuklear verwüstetes Ödland.

Die Zylonen glauben, dass sie in der kolonialen Flotte sicherer wären, sollte Cavils Truppen sie finden. Repräsentiert von Galen Tyrol, schlagen die Zylonen Admiral Adama die Aufrüstung der FTL-Triebwerke der Flotte mit zylonischer Technologie vor, wodurch diese mindestens dreimal effektiver werden würden und verlangt dafür volles Bürgerrecht für alle humanoiden Zylonen und einen Sitz im Rat der Zwölf. Adama sieht die Notwendigkeit der Aufrüstung, doch ist vom Rest des Vorschlages nicht so begeistert. Der Großteil der Flotte ist gegen diese Aufrüstung oder dafür einen Zylonen an Bord zu lassen und ein durchbrennender Tylium Transporter ist das erste Anzeichen einer Rebellion gegen den Admiral (Erschöpfung).

Während Felix Gaeta an Bord der Galactica eine Meuterei anführt, unterstützen die Zylonen Admiral Adama und Präsidentin Roslin. Tyrol gelingt es irgendwie unerkannt mit dem Admiral in Verbindung zu bleiben und schickt ihnen einen Raptor damit Baltar, Roslin Colonel Saul Tigh und Admiral Adama durch die vergessene sekundäre Lagerluke flüchten können. Roslin und Baltar betreten den Raptor, doch Tigh und Adama bleiben zurück um sicher zu gehen, dass der Raptor sicher abfliegen kann .

Gaeta befiehlt den Viper auf CAP den Raptor abzuschießen, und Narcho der dies mit einer Rakete versucht, verfehlt den Raptor und trifft stattdessen das Basisschiff, wodurch die Zylonen glauben, dass sie angegriffen werden. An Bord des Basisschiffes entschärft Roslin die Situation, sie erzählt von der Weigerung Hotdogs auf den Raptor zu schießen Und dass die Flotte nicht einheitlich hinter den Meuterern steht, und drängt die Zylonen an Ort und Stelle zu bleiben und Adama eine Chance zu geben, die Letzten Vier Zylonen, die sich immer noch in der Flotte befinden, zu retten. Während Roslin versucht, mithilfe des Funkgerätes des Raptors mit den Menschen der Flotte zu sprechen bemerken die Zylonen dass sich die Flotte zerstreut hat und sie verwundbar werden ließen und dass die Viperpatrouillen aggressiv fliegen und eine Reaktion provozieren. Nach einer Diskussion der Situation erzählen sie Roslin, dass sie sich entschieden haben wegzuspringen, doch Roslin bittet sie, dass sie Adama eine Chance geben sollen und zeigen sollen, dass sie mit ihm und der Flotte sind.Mit der Hilfe einer Nummer Zwie gelingt es ihr die Funkstörer der Galactica lang genug zu umgehen um die Flotte über die Meuterei auf der Galactica zu informieren und bringt zehn Schiffe dazu, ihre FTL-Triebwerke herunterzufahren. Danach befiehlt sie den Meuterern die Gefangenen freizulassen, das Kommando Admiral Adama zu überlassen und aufzugeben. Als Tom Zarek als Präsident der Zwölf Kolonien darauf antwortet und behauptet, dass Admiral Adama und Colonel Tigh bereits tot seien, bringt Roslin den Basisstern dazu, alle Waffen auf die Galactica zu richten. Gaeta befiehlt der Galactica und allen verbündeten Schiffen fortzuspringen, da er kein weiteres Blutvergießen wünscht, doch Tyrol gelingt es den FTL-Antrieb Sekunden vor dem Sprung zu deaktivieren. Kurz vor einem Feuergefecht zwischen der Galactica und dem Basisschiff befiehlt Gaeta die Waffen zu deaktivieren. Augenblicke danach wird das CIC von Admiral Adama und seinen Verbündeten zurückerobert. Adama informiert daraufhin das Basisschiff, dass die Galactica gesichert sei. Gaeta und Zarek werden später wegen ihren Taten exekutiert und der Rest der Meuterer wird inhaftiert .

In Erfüllung der Vereinbarung die durch Tyrol vermittelt wurde, wird den zylonischen Rebellen ein Sitz in dem neuen Rat der Kapitänen gewährt und die Zylonen wählen einen Vertreter, eine Nummer Sechs namens Sonja. Während dem Treffen mit Admiral Adama, Präsidentin Roslin, Lee Adama, und Galen Tyrol, informiert Sonja sie, dass wenn sich der Rat versammelt, sie vorhat, formell um die Aushändigung von Sharon Valerii zu bitten, die mit dem letzten der Fünf, Ellen Tigh, zur Flotte zurückkehrte, damit sie wegen ihres Verrates angeklagt werden kann. Es ist nicht bekannt, ob die Zylonen zu diesem Zeitpunkt die kolonialen Triebwerke bereits aufgebessert haben, oder nicht.

Mitglieder der Rebellen helfen weiter bei der Reparatur der Galactica, obwohl eine der Sechser einen Streit mit einem menschlichen Techniker hatte. Trotzdem rettete sie später das Leben dieses Technikers, und verlor dafür ihr eigenes. In einem Kommentar den man einmal hört, wird bestätigt, dass die Zylonen wirklich alle FTL-Triebwerke der Flotte verbessert haben, wenn auch aus irgendeinem Grund mindestens ein Raptor (der von Boomer gestohlen wurde um mit Hera zu entkommen) nicht aktualisiert wurde. Die Leistung dieser Verbesserungen kann man deutlich sehen: Nachdem Boomer mit dem einen Raptor ohne verbessertem Triebwerk zur Kolonie fliegt, braucht sie mehr als ein Dutzend Sprünge, während der verbesserte Aufklärungsraptor und die Galactica selbst später in der Lage sind, die Strecke in "einem" Sprung zu bewältigen. Jeder erwartet inzwischen die Aufgabe der Galactica und die zylonischen Rebellen erkundigen sie bei Admiral Adama über den Zeitplan für die Verlegung seiner Flagge z.B. die Verlegung von seinem Kommandostab und sich selbst auf das Rebellen-Basisschiff; vermutlich würde das ganze militärische Komplement auf das Basisschiff verlegt werden, da es das einzige andere Kriegsschiff der Flotte ist und damit auch das einzige Schiff, von dem aus Viper und Raptor gestartet werden können. Die zylonischen Rebellen haben kein Problem damit, dass Adama das Kommando über das Basisschiff übernimmt und sind bereit seinen Befehlen zu folgen Sechser und Achter fliegen schwere Jäger in integrierten CAPs und anderen Missionen mit kolonialen Piloten in Vipern und Raptoren. Auch die zylonischen Rebellen hängen Fotos ihrer verstorbenen Lieben im Gedenkgang der Galactica auf.

Nach der Entführung von Hera Agathon, drängen die Rebellen auf ihre Rettung, aber Adama ist nicht bereit, die beiden Kriegsschiffe auf seinen Befehl zu einer wahrscheinlichen selbstmörderischen Rettungsmission zu schicken, doch er ist bereit dazu einen Schwerer Jäger auf eine Aufklärungsmission zu senden, die dann zeigt, dass die Kolonie verlegt wurde. Die Galactica dient der Flotte inzwischen als Ersatzteillager und es wird damit begonnen, die Mannschaft zu verlegen. Nach einer Begegnung mit Hotdog und nachdem er ein Bild von Hera im Gedenkgang gesehen hat, beschließt Adama doch eine Rettungsaktion zu wagen. Nachdem er von Anders die Position der Kolonie erfahren hat beschließt Adama die Galactica, die nur mit Freiwilligen bemannt sein soll, auf die Rettungsmission zu schicken. Die Letzten Fünf, viele Piloten und Marines, einige Deckarbeiter, Doc Cottle (der von Adama aber zurückgeschickt wird), Ishay, Apollo, Starbuck, Baltar, Caprica Sechs, Helo, Athena und sogar Roslin gehören zu den Freiwilligen mitsamt einigen der Meuterern, die ihre Freiheit im Austausch bekommen. Ein Aufklärungsraptor wird losgeschickt und lokalisiert die Kolonie im Orbit um ein schwarzes Loch. Die Rebellen stellen noch ein Bataillon rebellischer Zenturios. Das Rebellen-Basisschiff wird unter dem Kommando von Hoshi bei der Flotte gelassen um diese zu beschützen und die Galactica beginnt ihre Rettungsaktion.

Der Rebellen-Basisstern bleibt mit dem Großteil der Zylonen bei der Flotte und wird das neue Flaggschiff, während die Galactica zur Kolonie springt, um Hera Agathon zu retten. Die einzigen Zylonen die mitgehen sind Caprica Sechs, die Letzten Fünf, Athena und einige Zenturios, di mit einem roten X angemalt werden, um sie von Cavils Zenturios zu unterscheiden. Während der Schlacht um die Kolonie wird Hera gerettet und viele der feindlichen Zylonen fallen, inklusive Boomer (die sich selbst rehabilitiert, indem sie Hera zur Flucht verhilft) und Cavil (der Sich selbst erschießt). Die Kolonie wird ins Schwarze Loch, das sie umkreist, gesaugt und zerstört, womit vermutlich auch alle restlichen existierenden Zylonen vernichtet werden. Durch die Zerstörung der Kolonie und eliminierung von Cavils Fraktion durch die "Galactica" gewinnen die Kolonialen und die zylonischen Rebellen offiziell den Krieg. Die Galactica entkommt und findet eine neue Heimat für die Flotte. Die Zweier, Sechser und Achter beschließen mit den Menschen auf ihrem neuen Heimatplaneten zusammenzuleben und nennen ihn Erde. Der Rebellen-Basisstern wird den Zenturios überlassen, die daraufhin ihren Frieden und ihr eigenes Schicksal finden sollen. Sie wissen zwar, dass es möglich wäre, dass die Zenturios sich wiederaufbauen und in Zukunft zurückkommen könnten, doch sie glauben, dass dadurch, dass man ihnen ihren Frieden schenkt, der Zyklus der Gewalt gebrochen wird. Durch die Zerstörung von Cavil und seiner Fraktion, sind die Kolonialen und Rebellen in der Lage friedlich miteinander auf der neuen Erde zu leben.